Em outubro de 2010 teve início a segunda edição do Sinapse da Inovação em Santa Catarina. A edição, que durou até novembro de 2011, tinha inicialmente a meta de induzir a implementação de 40 empresas inovadoras nascentes no estado, mas o número foi ampliado para 50, frente à excelente qualidade das propostas.

A metodologia do Sinapse da Inovação foi aprimorada, dando-se mais enfoque às seis vertentes vistas como primordiais para o desenvolvimento de uma empresa inovadora: tecnologia, produto, mercado, equipe, gestão e capital, sendo esses eixos balizadores também de todas as atividades e capacitações da etapa de pré-incubação.

A partir dessa operação tornou-se uma premissa a criação formal da empresa para recebimento do recurso, que nessa operação foi de R$ 50 mil em subvenção da FAPESC.

Nesta edição foram submetidas 1.158 ideias inovadoras, das quais 40 foram contempladas com R$ 50 mil em subvenção da FAPESC.